ホグワーツ魔法魔術学校の壁に描かれた不気味な「秘密の部屋が開かれたり。継承者の敵よ、気をつけよ」という文章に、生徒たちは戦慄する。その秘密の部屋は、ホグワーツの創始者の一人、サラザール・スリザリンが作ったもので、彼の後継者のみが開けることができ、そこに封じ込まれた怪物によってホグワーツから純血の魔法使い以外が一掃される、という神話があった。ハリーは、秘密の部屋が実在し、50年前にも開かれたことがあり、その際には女学生が死亡したことを知る。

ホグワーツでは、複数の生徒が石のように固まった姿で発見され、校内は恐怖に包まれる。スリザリンが持っていた蛇と会話する能力をハリーが持っていることを知った生徒たちは、彼がスリザリンの継承者ではないかと疑いの目を向ける。

ハリーは、閉鎖された女子トイレで古い日記を拾う。その日記には、50年前にホグワーツに在籍したトム・リドルという生徒の記憶が封じ込められていた。トムは、自分が50年前に秘密の部屋を開いた犯人を見つけて学校に通報したことをハリーに伝える。その場面を見せられたハリーは、その犯人がハグリッドだったと知り驚愕する。

50年前に死亡した女学生が、女子トイレに住みつく幽霊、マートルだと気付いたハリーは、彼女の目撃談から、秘密の部屋の入口を発見する。拉致されたジニー・ウィーズリーを救うために、彼は部屋に忍び込む。そこで彼は、日記から姿を現したトムから衝撃の事実を聞かされる。

トムの指令により襲いかかる巨大な毒蛇に、ハリーはなすすべなく死の危機に陥る。その時、彼に救いの手が差し伸べられる。それは、ホグワーツの創始者の一人、ゴドリック・グリフィンドールの剣だった。

何故、「暴れ柳」のような危ないものが敷地内に植えられているのか？	「暴れ柳」の根元には、古い屋敷につながる秘密のトンネルへの入口があります。生徒がトンネルに簡単に入れないように、「暴れ柳」が植えられました（アズカバンの囚人
トム・リドルは、何故、どのような手段で日記に記憶を閉じ込めたのか？	トムは、魂を分割して物体に隠す魔術を使って日記に魂を封じ込めました（謎のプリンス）
どのようにして、ヴォルデモートの力の一部がハリーに移ったのか（第18章）？	赤ん坊のハリーにかけた死の呪文がヴォルデモートに跳ね返った際、彼の魂の一部がハリーに取り込まれました（死の秘宝）