ヴォルデモートの支持者、シリウス・ブラックがアズカバン刑務所から脱獄する。彼は、一度に13人を殺すという重罪で収監されていた。

彼がヴォルデモートに指示されてハリーの命を狙っていると察した魔法省は、アズカバンの看守、吸魂鬼をホグワーツに送り込む。吸魂鬼は、人間の心から幸福、希望を吸い取る力を持っていた。吸魂鬼が近くにくると、自分がヴォルデモートに襲われた夜の記憶が蘇り、失神することを悩んだハリーは、「闇の魔術に対する防衛術」の教授リーマス・ルーピンから、吸魂鬼を追い払う呪文を教わる。

ブラックはハリーの父親ジェームズの親友で、ハリーの名付け親だったが、信頼を裏切ってヴォルデモートに両親の隠れ家を教えたということを知ったハリーは、復讐心を抱く。

ある日、ハリー、ロン、ハーマイオニーの前に、不気味な黒い犬が現れ、ロンと彼のペットのスキャバーズが連れ去られる。ロンを追って古びた屋敷に入ったハリーは、黒い犬の正体が「動物もどき」という術でブラックが変身した姿だと知る。彼は、恨みを晴らすためにブラックに戦いを挑むが、屋敷に飛び込んできたルーピンに止められる。

ルーピンやブラックから語れた真相にハリーは驚愕する。ジェームズを裏切った犯人、そして、13人を殺した犯人は、彼らの友人のピーター・ペティグリューだった。彼は、12年前にブラックに殺害されたと思われていたが、実は「動物もどき」でスキャバーズに変身して隠れていたのだった。ハリーは、彼を殺そうとするブラックとルーピンを説得して、ペティグリューを魔法省に引き渡そうとするが、隙を見て逃げられる。さらにブラックが吸魂鬼に存在を察知され、捕らえられてしまう。魔法省は、処刑として、吸魂鬼にブラックの魂を吸い取らせることを決める。

名付け親の窮地を救うため、ハリーは、ハーマイオニーが持っていた逆転時計を使って、時間を遡り、過去に向かう。

トレローニーの本当の予言が全部で2つになったとのことだが、最初の予言はいつあったのか（第22章）	彼女は10数年前に、「闇の帝王を破るものが生まれる」という予言をしました。それを知ったヴォルデモートがハリーの命を奪おうと一家を襲いました（不死鳥の騎士団）
ペティグリューの命を助けて本当によかったとハリーが思う日は来たのか（第22章）	ハリーがヴォルデモートの手下に捕まった時、ペティグリューはハリーの首を絞めて殺そうとしましたが、殺すことができず、逆に彼の手が彼自身の首を絞めてしまいました（死の秘宝）