叔父の家で育てられていた孤児のハリーは、11歳の誕生日にホグワーツ魔法魔術学校からの入学案内を受け取る。彼は交通事故で死亡したと聞かされていた両親が、闇の魔法使いヴォルデモートによって殺されたこと、そして、彼もヴォルデモートに死の呪文をかけられたが、何故か助かり、逆にヴォルデモートの方が消滅したという事実を知る。
入学準備のために、ホグワーツの森の番人ハグリッドと一緒にダイアゴン横町に行った彼は、ダンブルドア校長に頼まれたハグリッドがグリンゴッツ銀行から小包を取り出す場面に立ち会う。
入学後、グリンゴッツ銀行で強盗未遂事件が起こったことを知ったハリーは、その事件と小包に関係があると考え、ハグリッドに問いかける。ハグリッドがうっかりと口をすべらした「ニコラス・フラメル」という人名から調査を進めたハリーは、保有者に永遠の命を与える力を持つ「賢者の石」の存在を知り、それがホグワーツのどこかに隠されていると見抜く。
ヴォルデモートが自身を復活させるために「賢者の石」を奪い取ろう画策していると察したハリーは、「賢者の石」を守るために、友人のロンとハーマイオニーの協力を得て、教師たちが仕掛けた罠をかいくぐり、ホグワーツの深部に潜入する。
そこでハリーが遭遇した人物は、想像を絶する秘密を持っていた。
| ハグリッドにバイクを貸したシリウス・ブラックとは何者か（第1章） |
ブラックはハリーの父親の親友です。ハグリッドがハリーを助け出すためにゴドリックの谷に行った時、現場に現れ、彼にバイクを貸しました（アズカバンの囚人） |
|---|---|
| フィッグは、何故、ハリーを家に預かるほど、彼の世話をやくのか（第2章） |
フィッグは、ダンブルドアに頼まれてハリーの監視をしていました（謎のプリンス） |
| ダンブルドアが破った闇の魔法使いグリンデルバルトとは何者か（第6章） |
グリンデルバルトは、かつてダンブルドアの友人で、死の秘宝を一緒に探したことがあります。しかし、彼の妹の死に関与したことで、イギリスから逃亡し、その後、勢力拡大の過程で多くの者を殺害しました（死の秘宝） |
| 何故、ハグリッドはホグワーツを退学になったのか。また、退学になったのに、ホグワーツに残っている理由は |
ハグリッドは、ホグワーツ3年生の時に、秘密の部屋を開いて怪物を解放させたという罪で退学処分になりました。しかし、彼を無実だと信じたダンブルドアの計らいで森番としてホグワーツに残ることになりました（秘密の部屋） |
| ヴォルデモートが、何故、赤ん坊のハリーを殺そうとしたのか |
自分を破る者が生まれるという予言を聞いたヴォルデモートは、それがジェームズ・ポッターの息子を指していると考え、ハリーを殺そうとしました（不死鳥の騎士団） |
| 何故、ハリーが、ヴォルデモートの死の呪文を免れることができたのか |
ヴォルデモートに殺される前にハリーの母親が、ハリーを守ろうとしたことが、防御の呪文をハリーにかけることとなり、ヴォルデモートの死の呪文を跳ね返しました（不死鳥の騎士団） |
| ジェームズは、どのようにして透明マントを手に入れたのか |
透明マントは、ポッター家で代々受けつげられてきました。彼はマントを調べたいとダンブルドアに言われ、マントを預けました（死の秘宝） |
| ヴォルデモートはどのようにしてクィネルの肉体に取りついたのか |
ハリーの殺害に失敗したヴォルデモートは「霊魂にも満たない、ゴーストの端くれにも劣るもの」になりました。その彼にも人に取りつく能力だけは残っていて、たまたま彼が隠れていた森に迷い込んだクィネルに取りつきました（炎のゴブレット） |
| ジェームズがスネイプの命を救ったとは、どういうことか（第17章） |
ジェームズの友人が、スネイプをからかって、危険な人狼が待ち受ける屋敷につながるトンネルに彼が入るように仕向けました。そのことを知ったジェームズはスネイプを追いかけて引き戻しました（アズカバンの囚人） |
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フラッフィー